پنجشنبه 1391/04/22
شبکه زیستی (Network Biology)
یکی از زیباترین مقاله هایی که در ارتباط با Network Biology خوندم همین مقاله ای هست که لینکش و در آخر این مطلب می تونید پیدا کنید.

شاید باور کردنش سخت باشه، اما خوندن و فهمیدن مطالب گفته شده در این مقاله 1 هفته زمان برد، و هنوز هر وقت که دوباره می خونمش باز هم مطلب جدید داره. واقعاً به این مقاله می شه گفت Review.

Network Biology: Understanding the cell's functional organization

نوشته شده توسط احسان صباغيان در 16:55 | | لینک به این مطلب
سه شنبه 1391/04/13
False Discovery Rate and q-value و تفسیر آن
زمانی که به طور هم زمان می خوایم چندین تست و با هم انجام بدیم، خطای نوع اول افزایش پیدا می کنه. برای جلوگیری از این موضوع و ثابت نگه داشتن اون روش هایی معرفی شده اند مانند bonferroni correction و ... . اما روش مناسبی که از دیگر روش ها جدیدتر هست استفاده از FDR و q-value است.

توضیحات بیشتر و می تونید در مقاله زیر که به صورت جامع به این موضوع پرداخته پیدا کنید:

Statistical Significance for genomewide studies 

این متن کوتاه هم به خوبی فلسفه محاسبه q-value و توضیح داده:

http://www.rowett.ac.uk/~gwh/False-positives-and-the-qvalue.pdf

نوشته شده توسط احسان صباغيان در 12:4 | | لینک به این مطلب
جمعه 1390/10/09
آزمون Cochran-Armitage-Trend Test
زمانی که یک متغیر کیفی و بخوایم در دو گروه مقایسه کنیم، مثل نتیجه درمان (مثبت/منفی) در گروه شاهد و مورد، از جدول توافقی معروف خودمون استفاده می کنیم و بعد هم از آزمون های کای - دو یا دقیق فیشر برای فرض برابری نسبتها در دو گروه استفاده میشه.

اما زمانی که متغیری که مورد بررسی است کیفی رتبه ای باشه، مثل نتیجه درمان با سطوح رتبه ای (ضعیف/متوسط/خوب)، باز هم از جدول توافقی برای خلاصه سازی و آزمون کردن همگنی نسبت ها استفاده میشه، اما به جای به کارگیری آزمون های روتین کای - دو و دقیق فیشر می توان (بایستی) از آزمون های دیگری استفاده نمود. در واقع برای بررسی وجود یک روند در نسبت ها (فراوانی ها) در دو گروه می توان از آزمون های جایگزین استفاده نمود.

این آزمون ها توان بالاتری در کشف وجود یک روند (اختلاف) میان نسبت ها (فراوانی ها در دو گروه) نسبت به آزمون های روتین کای - دو و دقیق فیشر دارند. (توضیحات بیشتر در Agresti و Help نرم افزار SAS)

یکی از معروفترین آزمون های موجود آزمون روند کوکران-آرمیتاژ (Cochran-Armitage Trend test) هست. 

اگر مباحث نظری این آزمون و لازم داشته باشید می تونید در کتاب Categorical Data Analysis نوشته Agresti و یا از Help نرم افزار SAS استفاده کنید

http://support.sas.com/documentation/cdl/en/procstat/63104/HTML/default/viewer.htm#procstat_freq_a0000000663.htm

یک مثال هم در این ارتباط در Help نرم افزار SAS در آدرس زیر بیان شده:

http://support.sas.com/documentation/cdl/en/procstat/63104/HTML/default/viewer.htm#procstat_freq_sect032.htm


همچنین در نرم افزار R در Package (بسته نرم افزاری) stat که به صورت پیش فرض در خود نرم افزار وجود داره می تونید از این آزمون استفاده کنید. دستور این آزمون به شکل زیر است:

prop.trend.test()

توضیحات بیشتر هم در Help نرم افزار R می تونید پیدا کنید و هم در لینک زیر:

http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/stats/html/prop.trend.test.html

نکته ای که وجود داره این هست که نتایج محاسبه شده در دو نرم افزار R و SAS مقداری با هم متفاوت هست, علت اون در این هست که نرم افزار R از آماره آزمونی استفاده می کنی که در کتاب Agresti آورده شده و دارای توزیع کای - دو است، اما آماره آزمون مورد استفاده در نرم افزار SAS دارای توزیع نرمال است. گرچه نتایج هر دو روش یکسان است


در مقاله زیر می تونید کاربرد این آزمون و در یک مطالعه تعیین و بررسی روند شیوع چاقی ببینید

روند شيوع اضافه وزن و پرفشاري خون در نوجوانان تهراني طي سه بررسي مقطعي از مطالعه ي قند و ليپيد


نوشته شده توسط احسان صباغيان در 19:31 | | لینک به این مطلب
یکشنبه 1390/07/03
چگونه اپلای کنیم؟ (4)
اول از همه متشکرم از تمامی دوستان بابت کامنت هاشون

خوب تو این پست همون طور که قبلاً گفته بودم بخشی از تجربیات شخصی خودم و به همراه چند نکته خواهم گفت.

1- پروسه اپلای کردن برای دانشگاه های خوب، هم زمان بر هست و هم نیاز به یک برنامه ریزی بسیار دقیق داره. از این جهت دقیق که شما باید تا قبل از deadline های دانشگاه های مد نظرتون کارهاتون انجام داده باشید. این موضوع برنامه ریزی به خصوص اگر دانشجو باشید و هم زمان درگیر درس هستید به مقدار زیادی مهم تر و سخت تر خواهد شد. بسته به شرایط شما ممکنه زمان شروع به کارتون برای اپلای کردن متفاوت باشه، مثلاً خود من چون زبانم به هیچ وجه خوب نبود، مجبور شدوم نزدیک به دو سال وقت بزارم رو زبان.

نتیجه گیری که می خوام بکنم این هست که شما از زمانی که تصمیم می گیرید تا اپلای کنید تا زمانی که بتونید این کار و بکنید ممکن مدت زمان زیادی بگذره (واسه من 3 سال بود). تو این مدت ممکنه هزاران اتفاق بیوفته که جهت زندگی شما و عوض کنه. واسه همین نباید زود خسته بشید و خودتون کنار بکشید

2- پروسه اپلای کردن، علاوه بر نیاز داشتن به یک برنامه ریزی خوب، بسیار فرسایشی هم هست. چون این کار زمان می بره، ممکنه وسط کار اصلاً بی خیال بشید. این موضوع به خصوص برای کسانی که موقعیت های خوب کاری یا در آمدی در ایران دارن بیشتر صادق هست.

به عنوان مثال، اگر رشته شما آمار زیستی باشه، با توجه به بهتر بودن بازار کار نسبت به دیگر گرایش های آمار، همواره این موضوع تو ذهن شما خواهد بود که با کمی تلاش و قبول شدن در مقطع دکتری داخل، فرصت های بسیاری و می تونید بخه دست بیارید. خیلی راحت می تونید هیئت علمی بشید و ... . این فکر همیشه با شما هست و هر جا که فشار روی شما میاد قویتر هم میشه و تمام تلاشش و می کنه تا شما و از هدفتون دور کنه.

بنابراین اگر زمانی تصمیم گرفتید که برای ادامه تحصیل خارج از کشور و انتخاب کنید، باید خودتون آماده برخورد با این جور مسائل و بسیاری مسائل دیگه بکنید. البته ممکنه وسط راه هم پشیمون بشید


3- الزاماً ادامه تحصیل در یک دانشگاه خارج از کشور به معنی وضعیت مناسبتر علمی نیست، به خصوص در مورد رشته هایی که خیلی وابسته به وسائل آزمایشگاهی و کارگاهی نیست. مثل همین رشته آمار، یا آمارزیستی و ... . شما حتماً اساتید زیادی و دیدید که داخل کشور تحصل کردن، اما توانایی علمی بسیار خوبی دارن. درس خوندن رشته هایی مثل رشته ما بیشتر وابسته به فرد هست تا دانشگاه، این موضوع به خصوص در مورد دوره دکتری بیشتر صادقه.

البته داشتن استاد راهنمای خوب، قرار گرفتن در محیط علمی صرف و دور بودن از مسائل روزمره ای که ما در ایران با اون ها دست به گریبان هستیم، عوامل مهمی هستند که باید در نظر گرفت.


4- متاسفانه یک تصور غلط در مورد رتبه و کیفیت دانشگاه ها وجود داره و اون این که اگر دانشگاهی در آمریکا پذیرش بگیرید خیلی بهتر از دانشگاه های دیگست. البته این موضوع به خاطر مدینه فاضله بودن این کشور برای ما ایرانی ها هست. اما نکته ای که وجود داره این که دانشگاه های تاپ دنیا بدون شک در آمریکا هستند، اما هر دانشگاهی در آمریکا عالی یا حتی خوب نیست.

من هم در ابتدا همین تصور و داشتم و فقط هدفم آمریکا بود. اصلاً به ذهنم خطور نمی کرد که دانشگاه های بسیار خوبی در اروپا، استرالیا و حتی جنوب شرقی آسیا هم وجود داره.

شما اگر به رنکینک دانشگاه ها نگاه کنید می بینید در مجموع 50الی 60دانشگاه خیلی خوب در آمریکا وجود داره. البته آمریکا بیشتر در داشتن فرصت های طلایی شغلی بعد از اتمام تحصیل معروف هست

پس از همین الان این ذهنیت و از ذهنتون پاک کنید که یا آمریکا و یا دیگه هیچ.


فعلاً همین ها به ذهنم رسید. بقیش تو پست های بعدی.

نوشته شده توسط احسان صباغيان در 20:23 | | لینک به این مطلب
جمعه 1390/07/01
چگونه اپلای کنیم (3)
در پست های قبلی به سه بخش از 6 بخش کلی پرداخته شد، در ادامه بخش های بعدی و بررسی خوهم کرد:


4- آماده کردن مدارک لازم جهت اپلای کردن، از قبیل SOP، رزومه، ریزنمرات رسمی

تو این قسمت باید خلاصه ای از کارهای علمی که به رشته مد نظر مرتبط هستند و در یک یا دو صفحه خلاصه و به عنوان روزمه یا CV آماده کنید. همچنین یک یا دو صفحه در ارتباط با این موضوع که چرا می خواید این رشته یا دانشگاه و برای ادامه تحصیل انتخاب کنید بنویسید که به این متن SOP (Statement Of Purpose) گفته میشه.

اما یکی از مهمترین قسمتهای بخش 4 ریز نمرات رسمی هست که متاسفانه دوستان عزیزی که در وزارت بهداشت تحصیل می کنن از وجود اون در حین دانشجو بودن بی بهره هستند.

اکثر دانشگاه های آمریکا این ریز نمرات رسمی و لازم دارن و به علت وجود قوانینی در وزارت بهداشت هیچ دانشجویی نمی تونه ریز نمرات رسمی پیش از فارغ التحصیل شدن داشته باشه و به همین علت من نتونستم برای دانشگاه های آمریکا اقدام کنم.

شما تنها زمانی می تونید ریز نمرات رسمی داشته باشید که:

1- فارغ التحصیل شده باشید

2- تعهدات لازم و به جا آورده باشید (تعهدات تحصیلات رایگان و اگر رشته طرح داشته باشه، طرح)

3- داشتن کارت پایان خدمت برای مردها

پس از همین الان به دوستانی که در وزارت بهداشت درس می خونن توصیه می کنم که اگر می خوان واسه آمریکا اقدام کنن باید بعد از اتمام تحصیل و به شرط داشتن 3 شرط فوق سراغ این کار برن و گرنه که وقتشون و تلف می کنن. اما این موضوع در وزارت علوم حل شده است و برای داشتن ریز نمرات رسمی هیچ مشکلی وجود نداره (در هر مقطع زمانی)


5- برقراری ارتباط با دانشگاه ها، دپارتمان ها و اساتیدی که در مرحله 3 انتخاب شده اند

خوب بعد از این که مدارک بخش 4 آماده شد و بر اساس لیستی که قبلاً آماده شده با اساتید و دانشگاه ها ارتباط برقرار می کنیم.

من تو قسمت قبل فراموش کردم در ارتباط با سایت هایی صحبت کنم که Position های تحقیقاتی و ارائه می کنن که فاند هم دارن. شما می تونید با عضو شدن در این سایت ها به صورت روزانه از اخبار این بخش آگاه بشین. برخی از این سایت ها در ادامه آوردم:

www.findaphd.com

www.internationascholarship.com

www.jobsinsciences.com


6- پیگیری جهت اطلاع از نتیجه کار

بعد از این که برای دانشگاه ها و position های مد نظر اقدام کردید باید منتظر نتایج بمونید و پیگیر باشید تا ببینید در چه جاهایی پذیرش گرفتید.


خوب این کلیتی بود از روند کار. در پست بعدی من سراغ نکات اساسی می رم که به جزئیات بیشتری در مورد روند کار می پردازه


نوشته شده توسط احسان صباغيان در 13:31 | | لینک به این مطلب
یکشنبه 1390/06/27
چگونه اپلای کنیم (2)

تو قسمت قبل یک سری توضیحات کلی در ارتباط با نحوه انجام کارهای اپلای کردن برای دانشگاه های خارج از کشور و ذکر کردم. تو این بخش می خوام اون 6 بند ذکر شده و یکم بیشتر بازشون کنم و تجربیات خودم و با اون ها مخلوط کنم:

1- شرکت در امتحان های لازم، از قبیل TOEFL، IELTS، GRE

دوستانی که می خوان واسه مقطع PhD اقدام کنن حتماً باید مدرک زبان انگلیسی داشته باشن، چون تقریباً در تمامی دانشگاه های معتبر دنیا این مقطع به صورت زبان انگلیسی ارائه میشه. این که بین TOEFL و IELTS کدوم یکی بهتره به شرایط فرد و کشوری که می خواید اپلای کنید بر می گرده. به عنوان استرالیا کشوری هست که برای گرفتن ویزاش باید IELTS داشته باشید (اگرچه دانشگاهاش TOEFL و هم قبول دارن). برای آمریکا و کانادا TOEFL می تونه گزینه راحت تری باشه.

در ارتباط با امتحان GRE هم فقط این و بگم که برای تحصیلات تکمیلی در آمریکا و برخی دانشگاه های کانادا داشتن این مدرک الزامی و برای دیگر دانشگاه ها به خصوص دانشگاه های آلمان یک مزیت محسوب میشه.

کف نمرات قابل قبول به طور معمول برای IETLS نمره 6.5 و برای TOEFL PPT 550 و برای TOEFL IBT 85 هست.


2- تصمیم گیری در ارتباط با زمینه تحقیقاتی یا رشته ای که قصد دارید در اون ادامه تحصیل بدین

این بخش، قسمت بسیار مهمی و از روند پذیرش گرفتن و تشکیل میده. این که در آینده و در مقطع بعدی تصمیم دارین تو چه زمینه ای کار کنید. البته این موضوع باید از خیلی وقت پیش تعیین شده باشه، زمانی که موضوع پایان نامه و انتخاب می کنید تقریباً همون زمان این موضوع هم مشخص میشه که زمینه کاری در آینده چه خواهد بود.

بد نیست این جا یک گریز کوتاهی به این سوال برخی از دوستانم که پرسیده بودن چرا من از آمار زیستی به بیوانفورماتیک تغییر زمینه دادم بزنم (البته در یک فرصت مناسبتر بیشتر رو این موضوع بحث خواهم کرد).

نکته اول این هست که این دو رشته اشتراک های بسیاری دارن و همون طور که همه می دونن بیوانفورماتیک تلفیقی هست از آمار، کامپیوتر و زیست شناسی (ژنتیک). پس در واقع من تغییر اساسی در رشته تحصیلی ام انجام ندادم، بلکه به خاطر علاقه ای که به مبحث تحلیل داده های با بعد بالا داشتم وارد این زمینه شدم.

البته با توجه به این که این رشته، زمینه کاری جدیدی حتی در دنیای توسعه یافته هست و پیدا کردن زمینه های تحقیقاتی و همچنین بورس های تحصیلی در اون راحت تر نسبت به دیگر زمینه هاست در تصمیم گیری من تاثیر داشتند.


3- جستجو کردن و لیست کردن دانشگاه ها، دپارتمان ها و اساتیدی که با زمینه کاری شما همخوانی دارند.

به طور کلی جستجو کردن هم فرِآیند زمان بر و هم بخش بسیار مهمی یا شاید مهمترین قسمت از پروسه اپلای کردن هست. چند روش و میشه اعمال کرد برای پیدا کردن دانشگاه های مناسب:

1- استفاده از موتورهای جستجو و با جستجو کردن عنوان رشته

این روش از جهت سرعت بسیار پایین هست، اما نتایج گسترده تر و کامل تری خواهید داشت

2- جستجو کردن در سایت دانشگاه

این روش از روش شماره 1 سریعتر و با بهره وری بیشتر امکان پیدا کردن گزینه های مناسب و امکان پذیر می کنه

3- استفاده از لیست های موجود:

من یک لیست از دپارتمان های Statistics و Biostatistics از دانشگاه های مختلف دارم که براتون این جا می زارم

List of departments

ادامه مباحث در پست بعدی.



نوشته شده توسط احسان صباغيان در 11:17 | | لینک به این مطلب
شنبه 1390/06/26
چگونه اپلای کنیم؟ (1)

خوب در این مدتی که من منتظر ویزا هستم، بهترین موقعیت خواهد بود برای این که اطلاعاتی در مورد چگونگی اپلای کردن برای مقطع تحصیلات تکمیلی در دانشگاه های خارج از کشور در اینجا بنویسم.


من سعی می کنم با ارجاع دادن مطالب کلی به سایت های موجود از گفتن مطالب کلی بپرهیزم و بیشتر به زمینه کاری رشته خودم، یعنی آمار، آمار زیستی و بیوانفورماتیک بپردازم. و همچنین تجربیات شخصی خودم و در ارتباط با روند انجام کارهای مختلف برای گرفتن پذیرش و همچنین مراحل بعد از اون و در اینجا درج کنم.

روند کلی پروسه پذیرش و میشه به زیر بخش های زیر تقسیم بندی کرد:

1- شرکت در امتحان های لازم، از قبیل TOEFL، IELTS، GRE

2- تصمیم گیری در ارتباط با زمینه تحقیقاتی یا رشته ای که قصد دارید در اون ادامه تحصیل بدین

3- جستجو کردن و لیست کردن دانشگاه ها، دپارتمان ها و اساتیدی که با زمینه کاری شما همخوانی دارند.

4- آماده کردن مدارک لازم جهت اپلای کردن، از قبیل SOP، رزومه، ریزنمرات رسمی

5- برقراری ارتباط با دانشگاه ها، دپارتمان ها و اساتیدی که در مرحله 3 انتخاب شده اند

6- پیگیری جهت اطلاع از نتیجه کار

مراحل فوق شمای کلی از روند اپلای کردن و نشون میده که بر اساس ترتیب زمانی هم آورده شده. این که چه زمانی شما باید این کار ها و شروع کنید بستگی به شرایط هر شخص داره، اما انتهای کار یعنی مورد 5 باید در حدود ماه های نوامبر یا دسامبر سال قبل از شروع تحصیل شما آماده شده باشه تا بتونید برای تمامی دانشگاه های مد نظر اقدام کنید.

جزئیات موارد فوق و می تونید در سایت ها و فروم های مختلفی پیدا کنید، اما در حال حاضر فروم زیر جامع ترین اطلاعات و در اختیار شما قرار خواهد داد:

www.Applyabroad.org/forum

ادامه مطالب و در پست بعدی خواهم گفت (فعلاً شما یه سری به این سایتی که معرفی کردم بزنید)

نوشته شده توسط احسان صباغيان در 10:55 | | لینک به این مطلب
جمعه 1390/04/31
پذیرش مقطع دکتری در بیوانفورماتیک

خوب به نظر پایان دوران ارشد همراه شد با شروع دوران جدیدی در مقطع جدید.

پس از تلاش های فراوان برای انجام کارهای وثیقه سربازی و گرفتن دانشنامه و ریز نمرات، گویا امکان ادامه تحصیل در رشته ای که پذیرش گرفتم داره فراهم میشه.


PhD in Computer Science engineering - Bioinformatics

Ghent University - Belgium


First Promoter: Prof. Tom Dhaene

Department of Information Technology


Second Promoter: Dr. Yvan Saeys

Department of Boinformatics and Evolutionary Genomics 


Starting Time: September 2011

4 years PhD stipend 1700 euro per month


نوشته شده توسط احسان صباغيان در 14:2 | | لینک به این مطلب
شنبه 1390/03/21
پایان دوران تحصیل ارشد
تاریخ رسمی فارغ التحصیل شدن من 1390/03/16.

جلسه دفاع خوبی داشتم و نتایج خوبی هم به همراه داشت، نظرات داوران هم کمک کرد که دیدگاه بهتری نسبت به کارهای آینده داشته باشم.

تو این پست فایل پرزنت جلسه دفاع و همچنین فایل پایان نامه ام و می ذارم.

می دونم که در اختیار گذاشتن فایل کامل پایان نامه به صورت رایگان کار مرسومی نیست، اما من فکر می کنم که تو دنیای امروز با این سرعت بالای تولید دانش، دیگه این مسائل جایی ندارن.

امیدوارم این پایان نامه بتونه کمکی هر چند کوچیک به حرکت علمی آمار زیستی در کشور بکنه.


فایل پرزنت شده در جلسه دفاع

فایل پایان نامه


نوشته شده توسط احسان صباغيان در 19:41 | | لینک به این مطلب
پنجشنبه 1390/03/12
دفاع پایان نامه
سلام

بالاخره زمان دفاع پایان نامه من هم سر رسید


"بررسی و مقایسه روش های خوشه بندی در داده های بیان ژنی"

دوشنبه 16 خرداد

ساعت 11

خیابان دانشگاه - دانشکده بهداشت - ساختمان آموزش مداوم - سالن کنفرانس

نوشته شده توسط احسان صباغيان در 0:18 | | لینک به این مطلب
 فال حافظ - قالب وبلاگ